哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死...

江户时代某町，一下级武士不满上级食言，遂挥刀砍死长官，引起一片混乱。事后，中年武士中村主水（藤田まこと 饰）成为代罪羔羊，遭到降职减薪处罚。不久，年轻俊美的长官奥田右京亮（真田広之 饰）走马上任。与此同时，一群落魄浪人组成的团伙对当地百姓居住地进行大肆骚扰，混乱之中，一老者不幸身亡。偶然闲荡于此的主水事感蹊跷，暗中展开调查。而老者的女儿为给父亲报仇，不惜出卖身体赚钱聘请能杀掉浪人的勇者。在此期间，...